Genetica

Animali selvatici

19 Maggio 2023

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Dopo gli asiatici, quest’anno tocca a quelli africani. Anche per questi elefanti, infatti, è stato di recente generato il primo genoma dettagliato, pubblicato in NCBI e pubblico a tutti, che include sequenziamento, assemblaggio e annotazioni. Il lavoro di sequenziamento (frutto della collaborazione tra Colossal Biosciences, e Vertebrate Genomes Project) fa parte di uno sforzo a lungo termine per garantire la sopravvivenza delle specie di elefanti di fronte al cambiamento climatico, alla deforestazione e alle malattie. Il progetto è stato supervisionato da Erich Jarvis, Ph.D., Investigator dell'Howard Hughes Medical Institute e Professor alla Rockefeller University, da Olivier Fedrigo, Former Director of The Vertebrate Genomes Laboratory (VGL), e da Eriona Hysolli, Head of Biological Sciences di COlossal Biosciences.  Gli elefanti africani, insieme agli asiatici, svolgono un ruolo attivo in difesa della biodiversità, ma oggi corrono un alto rischio di estinzione. Gli africani, infatti, sono diminuiti dell'86% negli ultimi 30 anni e quelli della savana africana sono diminuiti di almeno il 60% negli ultimi 50 anni, secondo l'IUCN. Sono rimasti nel continente circa 415.000 elefanti africani di entrambe le specie (di savana e di foresta) e scompariranno entro due decenni se non verranno intraprese azioni urgenti, ha avvertito il World Wide Fund for Nature (WWF). Lavorare sul genoma potrebbe fornire un utile contributo per preservarli dall’estinzione.“Siamo entusiasti di produrre genomi di riferimento per la conservazione di queste specie. È necessario un buon genoma di riferimento per ricercare e studiare qualsiasi specie", ha affermato Erich Jarvis, investigatore dell'Howard Hughes Medical Institute e professore presso la Rockefeller University e presidente del Vertebrate Genomes Project.

Il genoma dell'elefante africano è stato sequenziato utilizzando le reads lunghe Pacbio HiFi, le mappe ottiche Bionano e le piattaforme di lettura Arima Hi-C. Il secondo step prevede l’assemblaggio T2T ovvero “da telomero a telomero”. 

Il nuovo genoma dell'elefante africano è disponibile in NCBI con i codici di accesso GCA_030014295.1 e GCA_030020305.1.               

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