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17 Gennaio 2023

Microbiota respiratorio dei suini, uno studio della topografia batterica

La profilazione del microbiota del tratto respiratorio superiore e di quello inferiore dei suini evidenzia un’abbondanza di specie distinte in nicchie ecologiche.


Microbiota respiratorio dei suini, uno studio della topografia batterica

La comprensione delle complesse strutture e delle interazioni delle comunità batteriche che nei suini abitano il tratto respiratorio superiore (URT) e quello inferiore (LRT) è ancora in una fase iniziale. Un recente studio condotto da un team dell’Università di Copenaghen, si è posto come obiettivo quello di caratterizzare la topografia batterica di tre siti del tratto superiore (narici, coana e tonsille) e tre di quello inferiore (trachea prossimale, lobo caudale sinistro e bronchi secondari).   

Lo studio

A questo scopo, sono stati analizzati trentasei campioni post mortem di sei maiali. Due i metodi: quantificazione e sequenziamento del gene rRNA 16S e profilazione mediante sequenziamento shotgun del microbiota nelle narici e nella trachea.

La composizione batterica ottenuta con i due metodi era congruente, sebbene la metagenomica recuperasse solo una frazione della diversità a causa dell'elevata percentuale (85-98%) del DNA dell'ospite. La più alta abbondanza di copie di rRNA 16S è stata osservata nelle narici, seguite da tonsille, trachea, bronchi, coana e polmone. La ricchezza e la diversità batterica erano inferiori nel tratto inferiore rispetto a quello superiore. Complessivamente, in tutti i tipi di campioni, i taxa predominanti sono risultati Firmicutes e ProteobacteriaGlasserella (15,7%), Streptococco (14,6%) e Clostridium (10,1%) erano i generi più abbondanti, ma sono state osservate differenze nella composizione del microbiota tra i due tratti e tra i siti di campionamento all'interno dello stesso tratto. Sono state osservate differenze nette tra microbiomi nasali e tonsillari, mentre le comunità batteriche che abitavano la trachea e il polmone erano similiMoraxella e Streptococcus erano più comuni nel raschiamento della mucosa bronchiale che nel lavaggio, probabilmente a causa dell'aderenza della mucosa. Il microbiota batterico della coana era meno diversificato di quello delle narici e simile al microbiota tracheale, suggerendo che la cavità nasale posteriore funge da fonte primaria di batteri per quella inferiore.

Conclusione

Facendo luce sulla distribuzione di patogeni batterici e sull'abbondanza di specie in distinte nicchie ecologiche nelle vie respiratorie dei suini, si corrobora l'ipotesi che i batteri presenti nei polmoni provengano dalla cavità nasale posteriore. A causa dell'elevata abbondanza di DNA dell'ospite, la profilazione ad alta risoluzione del microbiota respiratorio del maiale mediante il sequenziamento shotgun richiede metodi per l'esaurimento del DNA dell'ospite, in modo da superare le basse densità batteriche e l'elevata abbondanza di DNA dell'ospite nei campioni respiratori.

TAG: BRONCHI, COANA, MICROBIOMA, MICROBIOTA, NARICI, POLMONI, TONSILLE, TRACHEA, TRATTO RESPIRATORIO INFERIORE, TRATTO RESPIRATORIO SUPERIORE

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